Debemos remontarnos hace unos tres años,  cuando un soldado del Team Rocket se reveló contra la nueva líder, Jade, hija de Giovanni, ella creyendo que jamás podría vencerla la retó a un combate pokémon alegando que, si la vencía, le cedía el su puesto. Aquel combate se hizo, ambas tenían un nivel altísimo pero al final terminó por salir vencedora la joven que había osado desafiar a Jade, aquello hizo que la proclamaran nueva líder del Team Rocket y que, a partir de entonces, las cosas empezaran a cambiar. Hasta ese momento el grupo era conocido como un grupo de maleantes que no podía conseguir nada, débiles, poco y mal entrenados, sin ningún tipo de comunicación entre ellos... En definitiva, todo el mundo estaba convencido de que jamás lograrían nada y de que no era más que una pequeña molestia que podía parar hasta un simple entrenador novato. Sin embargo aquel grupo de maleantes, con Juliet al mando, fue ganando cada vez más y más poder de una forma asombrosamente rápida, poco a poco se hicieron con el poder de algunos legendarios y gracias a eso el grupo también crecía, pues con el nuevo poder muchos querían ser integrantes del Team Rocket.

Pero claro, no todo es bueno, y más tratándose de los villanos, o al menos así les han visto todos siempre, liderado por un joven llamado Paul resurgió un pequeño grupo, que al igual que había hecho el Team Rocket fue ganando cada vez más poder, se hacían llamar la legión de Arceus y querían arrebatarle todo el poder al Team Rocket, dejarlo tal y como estaba antes si es que no podían hacer que se disolviera definitivamente. Aquello desató una gran guerra, ya fuera por conseguir a los legendarios que aun quedaban libres o por tener el poder sobre los distintos lugares de Nokos, una guerra no muy gratificante para los miles de habitantes de esta región. Ésta esta llena de luchas y peleas en la que se ven implicados tanto pokémon como personas que son inocentes y no tienen absolutamente nada que ver con estos dos grupos, además de eso algunos miembros del Team Rocket querían tomar los puestos de líderes y Alto Mando de aquellos que no estuvieran de su lado, todo un caos que por ahora ha persistido durante varios años.

Pero no todo esta perdido, un tercer grupo, más pequeño, menos poderoso pero con muchas ganas de que terminen todas esas batallas, se denominan el Team Neutral debido a que, aunque algunos de sus miembros puedan estar de lado del Team Rocket o de la Legión de Arceus, lo que les une es el querer terminar aquella guerra y devolver la paz de antaño a la pequeña región de Nokos.

¿El Team Rocket conseguirá hacerse con el poder? ¿La Legión de Arceus podrá detenerlos? Y lo más importante... ¿Los neutrales lograrán traer la paz? Eso son preguntas que sólo puedes responder viniendo a Nokos...